La misión institucional del CEPEP en el campo de la investigación tiene como objetivo conocer y dar a conocer la realidad nacional a los tomadores de decisiones, a través de estudios, y por medio de ella recomendar acciones y estrategias concretas en la búsqueda de solución a los problemas suscitados.
Todos los proyectos de investigación se elaboran en el marco de las necesidades actuales del país y se relacionan con diferentes objetivos y prioridades de los planes nacionales.
La Encuesta de Planificación Familiar de 1987, fue la primera encuesta realizada por el CEPEP a nivel nacional para estudiar el uso de métodos anticonceptivos por parte de las mujeres. La Encuesta Nacional de Demografía y Salud de 1990, contó además con el apoyo financiero de la OPS/OMS, IPPF y GTZ. El Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social apoyó en la elaboración de las preguntas referentes a la salud materno-infantil y se incluyó un módulo de antropometría para obtener el peso y talla de los niños menores de 5 años, de acuerdo con las normas internacionales y por medio de instrumentos de precisión.
En la Encuesta Nacional de Demografía y Salud Reproductiva de 1995-96, por primera vez se indagó sobre violencia contra la mujer durante su niñez o adolescencia y también sobre violencia física y verbal de parte de una pareja o ex pareja. En las encuestas de los años 2004 y 2008, también se incluyeron capítulos sobre VBG, donde se visitaron más de 12.000 hogares de todo el país y se encuestándose a alrededor de 7.000 mujeres en edad fértil. en cada una de ellas.
El CEPEP cuenta con el Centro de Información sobre Población y Salud Sexual y Reproductiva (CIPSSR). La colección CIPSSR consta de aproximadamente 2.400 monografías impresas; 700 en formato digital, con temas de: salud pública, ciencias sociales, demografía, ITS, VIH, mujeres, adolescentes, ginecología, violencia y otros temas relacionados. El CIPSSR tiene acceso a Medline, Revisión Cochrane, Biblioteca de Salud Reproductiva OMS, Scielo y otras bases de datos electrónicas. Además, tiene acceso al programa HINARI, el Portal CICCO (de CONACYT), que proporciona información científica y tecnológica de alto impacto en forma electrónica. Además, la biblioteca está asociada con la Biblioteca Nacional de Medicina que brinda acceso a otros documentos de interés para la institución y cuenta con el apoyo de otras bibliotecas del país para obtener los documentos bibliográficos necesarios.